בליל ה- 23.4.48 נכבש הכפר בית-איכסה ע"י פלוגתו של מרדכי בן-פורת מהגדוד הרביעי, ופלוגה מוגברת מהגדוד החמישי בפיקודו של יששכר 'ישכה' שדמי תקפה את שכונת שועפאט, פוצצה מספר בתים ונסוגה, לפי פקודה ממטה החטיבה, באור יום. פקודת הנסיגה ניתנה עקב הכישלון בנבי-סמואל. בדו"ח מפקד הפעולה צויין כי רמת האימון של האנשים לקויה.
- בבוקר ה - 23.4.48 תקף כוח מהגדוד הרביעי את הכפר נבי-סמואל, אך לא הצליח לכובשו.
- בליל ה - 25.4.48 תקף כוח מהגדוד החמישי את שכונת שייח'-ג'ראח, כבש אותה - אך נאלץ לסגת, ע"פ דרישת הבריטים.
ב- 27.4.48 פורק מטה 'יבוסי' ויצחק שדה, שהרגיש שאין לו שליטה של ממש על הכוחות שהועמדו לרשותו עזב את העיר. הפירוק בוצע בעקבות דלות ההישגים בשלבים א' ו-ב' של המבצע, ובגלל החיכוכים בין המפקדים הבכירים. נקבע כי שאלתיאל ישמש מפקד המרחב וחטיבת 'הראל' תהיה אחראית למשימות המיבצעיות.
- בליל 30.4.48 ביצעה פלוגה מהגדוד החמישי, בפיקודו של אהרן שמי ('ג'ימי'), פעולת חבלה בכביש ירושלים-יריחו, וזאת על רקע ידיעות מודיעין, שבישרו על הכנות מצד צבאות ירדן ועיראק לפלוש לארץ-ישראל, עוד לפני הפינוי הבריטי. בליל 29.4 יצאה הפלוגה במסע-רגלי להר-הצופים ובלילה שלאחריו יצא כוח-משימה בן שתי מחלקות אל הכביש. משימתו הייתה לפוצץ מעביר-מים ולהניח מוקשים במרחק של 2 ק"מ מכפר אל-עזרייה. אחת המחלקות הניחה מטען מתחת למעביר-המים וכן תקפה מכונית ערבית שעברה במקום והרגה את ארבעת נוסעיה. המחלקה נסוגה בחיפוי המחלקה השניה, שהדפה ניסיון של ערבים מהכפר לפגוע בנסוגים. הנזק היה מועט, מעביר-המים תוקן והתנועה חודשה באותו יום.
בליל 3.5.48 בוצעה פעולה דומה במעביר-מים סמוך. 'שעת הש' הוקדמה, כדי לאפשר נסיגה בטוחה. הנזק בפעם הזאת היה אמנם גדול יותר, אך גם הוא תוקן תוך יומיים.
ב- 29.4.48 ניסה כוח מהגדוד החמישי לכבוש את שכונת אבו-טור בירושלים המזרחית. ב- 30.4.48 כבש כוח, שהורכב מלוחמי הגדודים הרביעי והחמישי מחטיבת 'הראל' ומגדוד 'מוריה' את שכונת קטמון ואת מנזר סן-סימון שבתוכה.